11. Gentechnische Methoden

23 Karteikartenvon Jennifer
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1
Rekombinanten DNA
= künstlich zusammengesetzte DNA

z.B. Plasmide mit Insert
2
Plasmide
= Plasmide sind extrachromosomal vemehrbare meist zikuläre DNA Moleküle
3
Plasmide mit Insert
> Plasmide in welches ein Stück fremde DNA reingebracht wurde
4
Restriktionsenzyme
= Enzyme, die DNA sequenzspezifisch binden und zerscheiden

> Restriktionsenzyme schneiden DNA in Fragmente mit nutzbarer Größe
> viele generieren einzelsträngige "sticky ends", die für die Herstellung von rekombinanter DNA nützlich sind
5
Wie kommt man an DNA ran ?
1. Genomischen DNA isoliert aus Zellen
2. cDNA (Copy DNA, eine Abschrift von RNA als DNA)
3. Künstlich hergestellte DNA (DNA Synthese)
6
cDNA
Copy DNA
7
Herstellung von cDNA
8
EcoRI
> Restriktionsenzyme aus Escherichia coli
9
Palindrom in DNA Sequenz
> von vorne oben wie von hinten unten gelesen die selbe Basenfolge
> sind Punktsymmetrisch
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Wie viele Typen von Restriktionstypen (Restriktionsendonuklease)
3 Typen
11
Typ 1 Restriktionsenzyme
> erkennen nicht-palindromische Sequenzen
> schneiden unspezifisch innehalb von ca 1000 bp von der Erkennungsstelle
12
Typ 2 Restriktionsenzyme
> erkennen palindromische Sequenzen
> schneiden idR innerhalb der Erkennungsstelle
> extrem brauchbar für Klonierungen
13
Typ 3 Restriktionsenzyme
> erkennen nicht-palindromische Sequenzen
> schneiden spezifisch weniger bp stromab der Erkennungsstelle
14
BamH1 (Beispiel für Restriktionsenzyme Typ 2)
> Enzym ist eine symmetrisches Dimmer
> Sequenzspezifischer Kontakt in der großen Furche
-> an Erkennungssequenz eng gebunden
-> an beliebiger DNA Sequenz nur locker gebunden
> DNA an Erkennungsstelle leicht gekrümmt
15
Wie reguliert E.coli das schneiden bzw nicht schneiden von viraler und eigener DNA durch Restriktionsenzyme?
> eigene DNA wird von EcoM5 methyliert und kann so nicht von EcoR5 geschnitten werden
> virale DNA ist unmethyliert und wird daher an GAT ˋATC von EcoR5 geschnitten
16
sticky end
> beim Schneiden von DNA durch Restriktionsenzyme entsteht ein Überhang

> dabei ist am 5´Ende immer ein Phosphat
> und am 3´Ende immer eine OH Gruppe
17
blunt end
> beim Schneiden von DNA durch Restriktionsenzyme wird gerade abgeschnitten
18
Wie schützen sich Bakterien vor ihren eigenen Restriktionsenzymen
> Sie besitzen für jedes Restriktionsenzym ein Modifikationsenzym mit derselben Erkennungssequenz
> diese Modifikationsenzyme Methylieren die Erkennungssequenz sodass restriktionsenzyme nicht mehr schneiden
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Welche Aussagen sind richtig?
  • Am häufigsten werden Restriktionsenzyme vom Typ I verwendet, weil diese DNA sequenzspezifisch schneiden
  • Restriktionsenzyme vom Typ II erkennen palindromische Sequenzen, weil sie als symmetrische Dimere arbeiten
  • Restriktionsenzyme die einen „sticky-end“ hinterlassen werden in der Molekularbiologie bevorzugt zum Klonieren eingesetzt, weil sich Insert und Vektor über Basenpaarung zusammenlagern können
  • Das Restriktionsenzym PstI (CTGCA‘G) erzeugt einen 5‘-Überhang mit der Sequenz 5‘-CTGCA-3‘
  • Die Restriktionsenzyme BamHI (G‘GATCC) und Sau3A (‘GATC) erzeugen kompatible 5‘ Überhänge mit der Sequenz 5‘-GATC-3‘
20
Herstellen rekombinanter DNA Moleküle
1.Schritt
> in vitro
> Fragmente erzeugen und Zusammenfügen

2.Schritt
> in vivo
> Erzeugte Vektoren vermehren
21
Welche Aussage ist richtig?
  • Die Multiple Cloning Site erhöht die Kopienzahl eines Plasmides in E. coli
  • Das Restriktionsenzym EcoRI hat eine definierte 6-bp Erkennungssequenz, die „sticky end“ geschnitten wird
  • Manche Restriktionsenzyme führen einen glatten Doppelstrangbruch durch, wie zB das Enzym EcoRV
  • Restriktionsenzyme erkennen in der Regel palindromische Sequenzen, so zB ATGGTA
  • Erfolgreiche Klonierung eines Inserts kann durch das Ausbleiben von Blaufärbung der Kolonien in Gegenwart von X-Gal sichtbar gemacht werden
22
PCR
= Polymerase Chain Reaction (Polymerasekettenreaktion)

> durch PCR kann eine zwischen zwei Primersequenzen liegende DNA spezifisch amplifiziert werden
> so wird Sequenz in vitro synthetisiert
23
Was gehört in einen PCR Ansatz?
  • Wasser
  • Ligase
  • dNTPs
  • Polymeras
  • RNase
  • NTPs
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