Flashcard decks

proteomik

85 flashcardsby ikranur
Study these flashcardsFree · spaced repetition · iPhone, Android, Mac & web

All cards

1
Proteom için aşağıdakilerden hangisi yanlıştır?
  • kompleks + dinamik yapı
  • hücrenin proteinlerini ifade eder
  • Durağan + statiktir
  • immünopresipitasyon yöntemleri analizde kullanılır
  • redüksiyonizm yaklaşımları kullanılır
2
Neden proteom ?
  • Moleküler ağlar ve fizyolojik fonksiyonların daha iyi anlaşabilmesi için Omik yaklaşımı
  • mRNA profili / protein profili farklıdır
  • dna biyolojik fonksiyonları açıklamak için yeterli değildir
  • Genom protein seviyesindeki dinamik süreçleri açıklamakta yetersizdir
3
aşağıdaki eşleşmelerden hsngisi yanlıştır?
  • Metabolites -> Metabolom
  • Protein -> Proteom
  • protein -> Gen
  • mRNA -> TRANSKRİPTOM = DİNAMİK + DEĞİŞKEN
  • GENE -> GENOM = DURAĞAN + SABİT
4
proteom hangi açıdan tanımlanır?
  • yapı
  • biyokimyasal
  • dizi
  • miktar
  • interaksiyon
  • lokalizasyon
5
bir çok fizyolojik koşulda protein profillerindeki değişimin … saptanması önemlidir.
hızlı
6
MOLEKÜLER BİYOLOJİK ARAŞTIRMALARIN TEMEL AMACI NEDİR
SİSTEM BİYOLOJİSİnin nasıl çalıştığını anlamlamak
7
Genom için aşağıdakilerden hangisi yanlıştır?
  • Değişiklik göstermez
  • ne olurdu sorusuna cevap verir
  • Durağan +Statik
  • Değişiklik gösterir.
8
………… belli bir hücrede, belli süre ve koşulda sentezlenen mRNA moleküllerin tümünü içerir. Dinamik, hücrenin içinde bulunduğu koşullara göre değişir.
TRANSKRİPTOMİK
9
FONKSİYONEL GENOMİKLE İLGİLİ METODLAR ……. İNCELER
DNA dizi analiz + mRNA ifade profilleri
10
AŞAĞIDAKİLERDEN HANGİSİ FONKSİYONEL GENOMİKLE İLGİLİ METODLARINDAN DEĞİLDİR ?
  • MPSS
  • GENİ MUTASYONA UĞRATMAK
  • SAGE
  • CRISPR
  • İMMÜNOPRESİPİTASYON
  • Dizi örneklemek
  • DNA MICROARRAY
11
homolog rekombinasyon yada mutagenikler yoluyla…. yapılır.
MUTAGENEZ
12
Proteinlerin fonksiyonu …….. ve ………… ile ilgilidir
  • YAPISAL ÖZELLİKLERİ
  • ETKİLEŞİM BİRİMLERİ
13
proteinler için hangisi yanlıştır?
  • transkript miktarı ilgili protein miktarını yansıtır.
  • Proteinlerin fonksiyonu lokalizasyon ile ilgilidir
  • protein çeşitliliği transkripsiyon sonrası modifikasyonlar tarafından oluşturulur.
  • Biyolojik materyelin çoğu nükleik asit içermez
  • Bio markerler tedavi amaçlı kullanılır.
  • fonksiyonları YAPISAL ÖZELLİK ve ETKİLEŞİM BİRİMLERİ ile ilgilidir,
  • Protein fonksiyonelliği translasyon sonrası modifikasyonlarla ilgilidir
  • Mutasyon sonucu oluşan fenotip HER ZAMAN BİLGİ VERİCİ DEĞİLDİR. mutasyonlar ve rna interferans yeterlilik analizi için yeterli değil
14
translasyon sonrası modifikasyonlar nelerdir 🤵
  • glikozilasyon
  • açilasyon
  • ubiqutinasyon
  • fosforilasyon
15
dizi ve yapısal proteomik için hangisi doğrudur?
  • Gen dizilerinden yararlanarak proteinler tahmin edilir
  • YAPISAL özellik incelenmesinde = X IŞINI KRİSTALOGRAFİSİ + NMR SPEKTROSKOPİSİ İLE = protein 3 D YAPISI kullanılır.
  • PDB ilk protein yapı veritabanıdır.
16
ETKİLEŞİM (İNTERAKSİYON) PROTEOMİĞİ
  • proteinlerin kendileriyle ve başka moleküllerle aralarındaki genetik ve fiziksel etkileşimleri inceler .
  • Proteinin rol aldığı metabolik yolla ilgili bilgiye ulaşılır .
17
REKOMBİNANT veya afinite ile saflaştırılmış hedefler
  • Protein saflaştırılmış örneği
  • Biyokimyasal fonksiyon
  • Protein çok kompleks örneği
  • Hücresel lokalizasyon
  • Veri tabanı incelemesi
18
Proteomik alanları
  • Dizi ve yapısal PROTEOMİK
  • FONKSİYONEL PROTEOMİK
  • İFADE EDİLEN (EKSPRESYON) PROTEOMİK
  • ETKİLEŞİM (İNTERAKSİYON) PROTEOMİK
19
…………………. proteinlerin biyolojik karışımlar içindeki miktarlarını veya bolluğu inceler
İfade edilen (Expresyon) proteomik
20
İfade edilen Proteomik çeşitleri
  • Protein çipleri (proteomik pazarında önem kazanan, uygulanabilirliği YÜKSEK + REKABETE açık teknoloji)
  • KÜTLE SPEKTROSKOPİSİ (MS/MS, MS)
  • MultiD- LC
  • 2D ELEKTROFEZ
21
FONKSİYONEL PROTEOMİK
  • Özellikle tıbbi uygulamalar açısından önemli
  • Substrata özgü olan proteomik
  • BÜYÜK ÖLÇEKTE ANALİZ YAPILMALI
22
HANGİSİ PROTEOMİKTE ÖRNEK HAZIRLAMA AŞAMASINDAKİ ZORLUKLARDANDIR ?
  • Proteinlerin parçalanması
  • Fonksiyonel inaktivasyon
  • Membran proteinleri Ekstraksiyon
  • Örnek kontaminasyonu
23
HANGİSİ PROTEOMİKTE AYRIM VE TANIMLAMA AŞAMASINDAKİ ZORLUKLARDANDIR ?
  • Membran proteinleri ekstrasiyonu
  • Tekrarlanabilirlik
  • Düşük miktarda protein
  • Extrem PI değerleri onların ayrılması
  • boyama hassasiyeti
24
HANGİSİ PROTEOMİKTE BİOİNFO AŞAMASINDAKİ ZORLUKLARDANDIR ?
  • veri tabanlarında bulunmayan proteinlerin tanımlanması
  • spot bulma algoritmleri
  • ÇEŞİTLİ VERİ TİPLERİ VE KAYNAKLARI
  • yüksek miktar verileri
25
PROTEİNİN FONKSİYONU ……………. İLE İLGİLİDİR.
LOKALİZASYON
26
PROTEİNİN FONKSİYONU ANLAYABİLMEK İÇİN EN DİREKT YOL ……………. TEST ETMEKTİR.
FONKSİYONEL
27
Hangisi Non- polar amino asitlerden değildir?a
  • Alanine
  • Proline (HYDROXYLATION)
  • Valine
  • Tryosine
  • Glycine
28
Amino asitler ………. ile bağlanır
peptid bağı
29
Amino asitlerden biri ………… grubu ile diğer amino asidin …………. grubu bağlanır.
  • a- amino
  • a- karboksil
30
Polar yüksüz (HİDROFİLİK) amino asitler den değildir?
  • Serin (O-GLİKOZİLASYON)
  • tyrosine
  • Threonine (O- GLİKOZİLSYON)
  • Asparagine (N- GLİKOZİLASYON)
  • aspartate
31
Hangisi Negait yüklü amino asitlerden değildir?
  • Lysine
  • Aspartate
  • Glutamat (CARBOXYLATION)
32
Hangisi pozitif amino asitlerden değildir?c
  • Arginine
  • Alanine
  • Histidine
  • Lysine (HYDROXYLATION)
33
HANGİLERİ YANLIŞTIR ?
  • yapıları ve özellikleri aminoasit dizisinin ve yan grupların özelliği ile ilişkilidir
  • hiçbiri
  • Yaşamın en önemli yapıtaşlarıdır
  • İlaçların yaklaşık %95’i proteinleri hedef alır
  • Proteinler dizi ve kimyasal yapı açısından dna ve RNA’dan daha kompleks
34
Proteinin kimyasal özellikleri………….. tarafından belirlenir
amino asit (BELİTEÇLERİ : moleküler ağırlık, PH, İzo elektrik Tanımlamaları)
35
PROTEİN YAPISINDA ETKİLİ BAĞLAR c
  • disülfif bağı
  • Peptif bağı
  • hidrofobik etkileşimler
  • iyonik bağ
  • hidrojen bağı
36
Non-polar R-gruplarının proteinlerin …….. kısmındadır
İÇ KISIM Mavi = Myoglobin Kırmızı = Hemoglobin
37
Yüksüz-polar R-gruplarının proteinlerin …….. kısmındadır
DIŞ
38
Amino asitler için hangileri doğrudur?
  • Termodinamik açıdan enerji gerektirir
  • Premier yapıyı oluşturur
  • Ribozomlarda bir araya gelir
  • TRNA a’ya tutulmuş amino asitlerin polimerazasyonu içerir ve Dehidrasyon gereklidir
39
Aminoasitler yan zincirlerinin özelliklerine göre kaça ayrılır
  • Yüksüz polar
  • Asidik
  • Bazik
  • 4
  • N polar
40
………. korunmuş (canlılar arasında ortak) proteinlerde belirli bir görevden yada yapısal özellikten sorumludur
motif
41
motifler
  • positif yüklğ
  • negatif yüklü
  • büyük hidrofobik
  • polar
  • küçük hidrofobik
42
orak hücre anemisindeki aminoasit değişikliği hangileridir .
glutamin aminoasitinin ----------- valine dönüşmesi ile hücre orak şeklini alır.
43
proteinlerin katlanması ................. de gerçekleşir.
sitosolde
44
proteinlerin sekonder yapısının özellikleri hangileridir.
  • üç boyutludur
  • van der waals bağları vardır.
  • elektrostatik bağlar
  • hidrojen bağı
  • doğrusal değildir.
  • a- heliks ve B - tabaka olmak üzere iki tiptir.
45
a-heliks yapısında C=O ve N-H grupları arasında ----------- bağı vardır.
hidrojen bağları
46
a-heliks sekonder yapısında r grupları katlanmanın ............... konumlanır.
DIŞINDA
47
a-heliks yapısında .................. ile ................. arasında hidrojen bağı oluşur.
karbonil oksijen ile amid arasında
48
B- katlanma sekonder yapısında C=O ve N-H grupları arasında ................ bağı vardır.
hidrojen bağı
49
B- tabakada r grupları ................... konumlara yönelir.
alt ve üst
50
tersiyer yapı nedir?
  • disülfit bağları oluşabilir. ( iki sistein aminoasitinin sülfür atomları arasında )
  • sekonder yapılar üst üste katlanır.
  • genelde küresel yapıda
  • hidrojen bağları bulundururlar. ( yapısal değşikliklere olanak sağlar)
  • iyonik bağ oluşabilir. ( R gruplarının iyonları arasında tuz köprüleri üzerinden oluşurlar)
51
kuarterner yapı nedir?
  • tersiyer grupların kompleks oluşturarak biraraya gelmesi ile
  • SSB/ DNA HELİKAZ/ REKOMBİNAZ ÖRNEK OLARAK VERİLEBİLİR.
  • kimyasal uyarılara karşı yapısal ve fonksiyonel değişimlere olanak sağlar
52
protein yapısal özellikleri ve ilgili süreçler nedir?
  • sekonder ---------- katlanma
  • quarterner --------- interaksiyon
  • tersiyer ---------- paketlenme
  • primer -------- birleşme
53
.................. proteinlerin fiziksel ve kimyasal özelliklerini değiştirir.
dentürasyon
54
denatürasyon nasıl oratya çıkar
protein yapsını birarada tutan bağların bozulması ile ortaya çıkar.
55
hangileri proteinlerin fonksiyonlarındandır.
  • hücrenin yapısal bileşenleri
  • taşıma ile ilşkili proteinler
  • hormonlar
  • enzimler
  • antikorlar
  • hemoglobin/myoglobin
  • motor proteinleri
56
proteinlerin sınıflandırılmasında hangisi fonksiyonel tanım içine girmez
  • yapısal ( biyolojik yapıları oluşturur.)
  • çözünen ( suda çözünebilen bir yerde bulunma )
  • savunma ( patojenleri tanıma yok etme )
  • taşınım
  • enzimler ( biyokimyasal reak. hızlandırır.)
57
proteinlerin sınıflandırılmasında yapısal tanımşar nelerdir
  • fibriller ( açık basit katlanmalar, genelde yapısal proteinler)
  • globüler ( tersiyer yapılı kompleks katlanmalar düzensizdir.)
58
hücresel lokalizasyona göne protein sınıflandırılması
  • membran ( suda çözünmeyen membran ile fiziksel temas halinde )
  • çözünen ( suda çözünebilen hücrenin her yerinde bulunan )
59
proetom analizlerinde verilerin kalitesi ve güvenirliliği ...................... ya bağlıdır.
örnek hazırlama aşamasının kalitesine
60
SAFLAŞTIRMADA HEDEF PROTEİNİN ÖZELLİKLERİ
  • pH KARARLILIĞI
  • İYONİK GÜCÜ (TUZ)
  • SICAKLIK KARARLILIĞI
  • YÜK ÖZELLİKLERİ
  • PROTEAZ HASSASİYETİ
  • BİYOSPESİFİK AFİNİTE
  • KOFAKTÖR GEREKSİNİMİ
  • MOLEKÜLER AĞIRLIĞI
  • REDOKS HASSASİYETİ
  • TRANSLASYON SONRASI MODİFİKASYONLAR
  • DETERJAN GEREKSİNİMİ
  • METAL İYONLARINA HASSASİYETİ
  • HİDROFOBİKLİK
  • ORGANİK ÇÖZÜCÜLERDE KARARLILIK
61
SAFLAŞTIRMADA ÖNEMLİ KAVRAMLAR
  • HIZ: Protein özelliklerine bağlı olarak işlemlerin gerçekleşme süresi (proteaz inhibitörlerinin eklenmesi vb.)
  • AYIRIM: Kullanılan saflaştırma tekniğinin ayırma etkinliğine ait bir kriter
  • KAPASİTE : sflaştırma için kullanılan (yüklenen) hedef protein miktarı, genellikle ilk saflaştırma aşamalarında safsızlıkların, kontaminantların miktarı daha fazladır
  • GERİ KAZANIM : Saflaştırılan proteinin istenen özellikleri taşıması, miktarının istenen düzeyde olması vb.
62
ÖRNEK HAZIRLAMASINDA TEMEL AŞAMALAR NELERDİR.
  • TUZUN UZAKLAŞTIRILMASI
  • AYIRMA
  • KONSANTRE ETME
  • EKSTRAKSİYON
  • İZOLASYON
63
PROTEAZ İNHİBİTÖRRLERİNİN ENZİMLERİ NELERDİR.
  • EKZOPEPTİDAZ
  • ASPARTİK ASİT PROTEAZ
  • SERİN PROTEAZ
  • METALOPROTEAZ
  • SİSTEİN PROTEAZ
64
SONRAKİ AŞAMALARA GEÇMEDEN, İLK EKSTRASKİYON BASAMAĞINDAN ELDE EDİLEN ÖRNEĞİN PROTEİN MİKTARININ BELİRLENMESİ GEREKLİDİR. YÖNTEMLER
  • Bradford Yöntemi
  • Lowry Yöntemi
  • BCA (Smith) Yöntemi
65
GİRİŞİM YAPAN MADDELERİN UZAKLAŞTIRILMASI
  • ÇÖKTÜRME
  • DİYALİZ
  • FİLTRASYON/ ULTRAFİLTRASYON
66
SAFLAŞTIRMA BASAMAKLARI
  • KLARİFİKASYON : (berraklaştırma: çöktürme, ultrafiltrasyon, faz oluşuturarak ayırma teknikleri ile)
  • ARA SAFLAŞTIRMA: ÖRNEĞİMİZDE KALAN SAFSIZLIKLARIN UZAKLAŞTIRILMA VE ÖRNEK HACMİNİN AZALTILMASI (Konsantre etmek) AŞAMASI (SEC, immünoafinite kromotografisi vb.)
  • ZENGİNLEŞTİRME: ( anyon değişim kromotografisi, HIC, non biyospesifik afinite kromotografisi, monoklonal antikorlar, IMAC teknikleri ile )
  • CİLALAMA : HOMOJEN ÖZELLİKTE HEDEF PROTEİN İÇERİĞİNİN ELDE EDİLMESİ
    • DÜŞÜK HACİMLİ / YÜKSEK AYIRIM GÜCÜNE SAHİP YÖNTEMLERİN KULLANILMASI GEREKLİDİR
    – RP-HLPC TEKNİKLERİ
67
İYON DEĞİŞTİRİCİ KROMOTOGRAFİ NEDİR?
  • YAPILARINDAKİ ZAYIF ASİDİK VE BAZİK GRUPLAR İÇEREN AMİNO ASİTLER NEDENİYLE ORTAMIN pH INA BAĞLI OLARAK DEĞİŞİKLİK GÖSTERİR (Proteinler amfoteriktir)
  • İZOELEKTRİK NOKTASININ ALTINDAKİ BİR DEĞERDE PROTEİN MOLEKÜLÜ NEGATİF YÜKLÜ ORTAMA VEYA KATYON DEĞİŞTİRİCİYE BAĞLANIR
  • İZOELEKTRİK NOKTASININ ÜZERİNDEKİ BİR DEĞERDE PROTEİN MOLEKÜLÜ POZİTİF YÜKLÜ ORTAMA VEYA ANYON DEĞİŞTİRİCİYE BAĞLANIR
  • TÜM MOLEKÜLLER YÜZEYLERİNDE ORTAMIN pH INA BAĞLI NET BİR YÜK
    TAŞIRLAR
  • İZOELEKTRİK NOKTASINA YAKIN pH DEĞERİNDE PROTEİN YÜKSÜZ HALE GELECEĞİ İÇİN ORTAMLA ETKİLEŞİME GİRMEZ
68
.........................PROTEİN AYIRIM TEKNİKLERİ İÇİNDE EN UYGUN YÖNTEMDİR
KARIŞIMDAKİ FRAKSİYONLARIN DİFERANSİYEL HAREKET HIZLARINA SAHİP OLMASI NEDENİYLE GERÇEKLEŞEN AYIRIM,
69
ELEKTRİK ALAN UYGULANAN BİR ORTAMDA YÜKLÜ BİR MOLEKÜLÜN HAREKET ETMESİ, ........................ OLARAK İSİMLENDİRİLİR
ELEKTROFOREZ
70
MOLEKÜLÜN HAREKET HIZI ..................... VE ...................... BAĞLIDIR.
–Uygulanan elektrik alanın kuvvetine
–Molekülün yük yoğunluğuna(yükün kütleye oranı)
71
............................. DA PROTEİNLER KÜTLELERİNDEN BAĞIMSIZ NET ELEKTRİK YÜKLERİNE GÖRE AYRILIRLAR
İZOELEKTRİK ODAKLAMA
72
........................... DE pH GRADİENTİ YOKTUR, ZAMANLA TÜM PROTEİNLER ANODA VEYA KATODA ULAŞIRLAR
STANDART ELEKTROFOREZDE
73
İZOELEKTRİK ODAKLAMADA pH GRADİENTİ İKİ ŞEKİLDE OLUŞUR
  • IMMOBİLİZE pH GRADİENT JELLERİ (IPG) KULLANILARAK
  • SENTETİK TAŞIYICI AMFOLİTLER KULLANILARAK
74
............................ TAMPONLAYICI MOLEKÜLLER OLARAK SERBEST DİFÜZE OLURLAR VE MATRİKSE DAĞILIRLAR ELEKTRİK ALAN UYGULANDIĞINDA pH GRADİENTİ OLUŞUR
AMFOLİTLER
75
............................. TAMPONLAYICI MOLEKÜLLER POLİAKRİLAMİD JEL MATRİKSİNE TUTUNURLAR, ELEKTRİK ALAN UYGULANDIĞINDA TAMPONLAYICILAR DEĞİL PROTEİNLER HAREKET EDER
İMMOBİLİZE SİSTEMLERDE
76
İKİ BOYUTLU ELEKTROFOREZDE PROTEİNLERİN BİRİNCİ BOYUTTAKİ AYRIMI ........................ İLE YAPILIR
İZOELEKTRİK ODAKLAMA İLE
77
İKİ BOYUTLU ELEKTROFOREZDE PROTEİNLERİN İKİNCİ BOYUTTAKİ AYRIMI ........................ İLE YAPILIR
STANDART SDS-PAGE PRENSİPLERİYLE (YÜKTEN BAĞIMSIZ MOLEKÜL KÜTLELERİNE GÖRE GERÇEKLEŞTİRİLMEKTEDİR)
78
SDS NİN POLİPEPTİD İSKELETİNİ KUŞATMASI ........................... OLARAK
DESTEKLENEN BİR REAKSİYONDUR
SİTOKİOMETRİK
79
% T ARTTIKÇA GÖZENEK BÜYÜKLÜĞÜ ...............
AZALIR
80
2D-E NİN DEZAVANTAJLARI:
  • OTOMASYON
  • AYRILMA
  • HASSASİYET
  • GÖRÜNTÜLEME
81
AYIRIM GÜCÜNÜ ARTTIRMAK İÇİN :
daha büyük jellerin kullanılması Çok sayıda, dar pH aralığına sahip IEFjeli (zoom jel sistemi) kullanılarak ayırım gücünü arttırılmaktadır
82
HASSASİYETİ ARTTIRMAK
  • –DAR ARALIKLI IPG JELLERİNİN
    KULLANIMI
  • –ÖN İŞLEM OLARAK FRAKSİYONLARA
    AYIRMA
  • –AFFİNİTE TEKNİKLERİ İLE BOL
    BULUNAN PROTEİNLERİN
    UZAKLAŞTIRILMASI
83
LC KULLANIMININ AVANTAJLARI:
  • • AYIRIMI GERÇEKLEŞEN PROTEİNLERİN
    BOYANMALARINA GEREK YOKTUR
    • SERİ ANALİZE OLANAK SAĞLAR
    • İŞARETLENEN ÖRNEKLERDE DİREKT
    MİKTAR BELİRLENMESİ İLE İLGİLİ
    ÖLÇ
  • • HPLC KOLONLARI YÜKSEK HACİMLERİNİNYÜKLENEBİLMESİNE OLANAK SAĞLAR
    • ÖRNEKLER KOLON ÜZERİNDE KONSANTRE EDİLEBİLİR
    • SAPTANMASI GÜÇ OLAN PROTEİNLERİN AYRIMINA OLANAK SAĞLAR.(membran proteinleri, çok bazik proteinler)
84
LC KULLANIMININ DEZAVANTAJLARI:
•PROTEİNLERİN ÖZELLİKLERİNİN BELİRLENMESİ AÇISINDAN ÖNEM TAŞIYAN pI ve MOLEKÜL AĞIRLIĞI GİBİ BİLGİLERİ ÖĞRENEMEYİZ
• 2DE OLDUĞU GİBİ PROTEİNLERİN GÖZLEMLENEBİLİR ÖZELLİKLERİNİ SAPTAYAMAYIZ
85
........................., HASSASİYET VE GÖRÜNTÜLEME PROBLEMLERİ MİNİMUMA İNDİRGENEREK AYIRIM GERÇEKLEŞİR
2D-ELEKTROFOREZDEKİ OTOMASYON
Study all 85 cards for free